Với mong muốn tạo cho học sinh có một môi trường học tập hài hòa, cân đối để phát triển toàn diện về trí tuệ, tình cảm, thẩm mỹ, sức khỏe và nhân cách, tăng cường năng lực cá nhân, Hệ thống giáo dục SKY-LINE đã xây dựng nên các Câu lạc bộ năng khiếu làm nơi khơi dậy và nuôi dưỡng năng khiếu của các em học sinh. Các CLB này cũng nằm trong Đề án Đổi mới giáo dục thể chất và năng khiếu nghệ thuật của Hệ thống.
Ở lĩnh vực thể thao, nhà trường xây dựng các Câu lạc bộ và tạo điều kiện về cơ sở vật chất, giáo viên hướng dẫn các môn như: cầu lông, bóng đá, bóng rổ, bơi, vovinam, erobic, cờ vua, tennis, yoga, golf (có sự điều chỉnh theo điều kiện từng năm học).
Ở lĩnh vực nghệ thuật, các môn như organ, trống djembe, múa, dance sport, guitar, mỹ thuật được đầu tư các phòng chức năng riêng biệt với đầy đủ thiết bị và được những thầy cô giỏi chuyên môn hướng dẫn.
Với mong muốn định hướng cho học sinh phát huy và phát triển chuyên sâu vào những năng khiếu của bản thân, các em ở các khối lớp 1,2,3 có thể thay đổi nguyện vọng tham gia CLB hằng năm để trải nghiệm và xác định khả năng. Tuy nhiên đến năm lớp 4 trở đi, các em sẽ phải lựa chọn lĩnh vực năng khiếu của mình để được đầu tư chuyên sâu hơn. Với lợi thế hệ thống đa cấp học, các em có một quá trình dài xuyên suốt nhiều năm để được phát hiện, định hướng và phát huy tiềm năng để có thể phát triển năng khiếu của bản thân một cách bài bản và tối đa.